위원회는 다음 각 호의 사항을 협의하는 기능을 수행함(농어업·농어촌특별위원회 설치 및 운영에 관한 법률 제2조 근거)

1. 농어업과 농어촌의 지속가능한 발전과 공익적 기능 실현을 위한 중장기 정책방향에 관한사항
2. 농어촌 지역발전 및 복지 증진에 관한 사항
3. 지방자치와 지방분권에 기초한 자율 농정 수립에 관한 사항
4. 지방자치와 지방분권에 기초한 자율 농정 수립
5. 농식품의 안정적 공급을 통한 국민의 먹거리에 관한 사항
6. 농어업과 농어촌의 다원적 가치 실현을 위한 조사ㆍ연구에 관한 사항
7. 위원장 또는 재적위원 4분의 1 이상이 요청한 사항
8. 제1호부터 제7호까지의 실천계획과 추진상황 점검ㆍ평가에 관한 사항
9. 그 밖에 대통령이 자문을 요청한 사항